Het grootste deel van de productie appels en peren kan worden opgeslagen in eigen koelcellen. Deze hebben capaciteit voor ruim 350.000 kg appels en peren, verdeeld over 6 cellen. Jan's koelcellen koelen met het natuurvriendelijke koelmiddel propaan en besparen zo de ozonlaag tegen schadelijke Cfk's.

In de koelcellen wordt niet alleen de temperatuur geregeld, maar ook de luchtsamenstelling. Ieder appel- of perenras heeft zijn eigen ideale bewaartemperatuur en luchtsamenstelling. Daarom wordt een cel luchtdicht afgesloten en de ideale bewaaromstandigheden geregeld.

Appels en peren zijn 'levende' producten en ademen na de oogst nog steeds. Het product ademt zuurstof in en kooldioxide uit. De buitenlucht bevat ongeveer 21% zuurstof en 0,04% kooldioxide. Doordat de appels en peren ademen zakt het zuurstofgehalte en stijgt het kooldioxidegehalte. Het zuurstofgehalte laten we zakken tot ongeveer 1,2%. Het kooldioxide gehalte mag stijgen tot maximaal 4%, afhankelijk van het ras. Hierdoor raken de appels en peren in een diepe slaap, waardoor de omzetting van zetmeel in suikers nagenoeg stil staat, dit is immers het rijpingsproces. Zo kunnen we sommige rassen bijna een jaar rond bewaren!